מחלקת החינוך באגודה לזכויות האזרח מקיימת זה שנים הכשרות לקידום ערכי הדמוקרטיה וזכויות אדם. ההכשרות וההשתלמויות מתקיימות בחדרי מורים, במרכזי הכשרה למורים (מרכזי פסג"ה) ובמוסדות להכשרת מורים בחברה היהודית ובחברה הערבית, ועוסקות בשילובם של ערכים אלה במגוון תחומי דעת וערוצי פעולה בבית הספר. בייחוד מתמקדת המחלקה בקיום השתלמויות מורים בנושא "התמודדות חינוכית עם גזענות, תיוג והדרה: כלים פדגוגיים יישומיים למורים מכל תחומי הדעת", ולאחרונה הוציאה ספר בנושא חינוך נגד גזענות שכותרתו: "שיעור לחיים: חינוך נגד גזענות מהגן ועד התיכון".

המחלקה מעניקה גם ליווי פרטני לצוותים להוראת אזרחות בבתי ספר תיכון בכל הנוגע למטלות ביצוע של תלמידים; לצוותים של הוראת אזרחות בחטיבות הביניים בכל הנוגע לתכניות ההעמקה לתלמידי כיתה ט' שפיתחה מחלקת החינוך; ולצוותי חינוך ורכזי חינוך חברתי שמעוניינים להטמיע ערכים דמוקרטיים בעבודתם השוטפת ולטפח ערכים של אקטיביזם אזרחי ומעורבות חברתית בקרב המנהיגות הצעירה בבית הספר.

עוד מציעה המחלקה הכשרה ייחודית למורים בנושא "השימוש בצילום ככלי לשינוי חברתי", מפיקה כנסים וימי עיון בשיתוף משרד החינוך (ומוסדות להכשרת מורים) ומפתחת חומרים חינוכיים למורים שמופיעים באתר מחלקת החינוך של האגודה לזכויות האזרח – "הסדנא".